Les échos d'une tragédie
De nos jours, nombreux sont ceux pour qui la date de 1284 évoque la « croisade des enfants ». En 1212, lors d'une malheureuse tentative pour libéré la terre sainte de l'emprise musulmane, cette « croisade » passe par Hamelin et fait très probablement des recrues. D'innombrables enfants mourront au cour du long et difficile voyage, et aucun d'en reviendra.
Une autre théorie rattache cette même date à la mort d'un grand nombre de jeune Hamelinois à la bataille de Sedemunde, à la suite d'une querelle locale en 1260. L'un ou l'autre de ces évènements est peut-être à l'origine de la première version du récit.
Au XIVe siècle, un désastre bien pire va s'abattre sur Hamelin. La Mort Noire – la peste bubonique – fait rage en Europe dès 1345 et jusqu'à la fin des années 1360. Elle est apportée par des rats infestés de puce qui meurent par la maladie. Les puces passent alors aux humains, qui meurent à leur tour. C'est un enchaînement semblable à celui de la légende. Ces souvenirs confus de la Mort Noire expliquerait la date la plus tardive de certains témoignages écrits.
Des souvenirs d'une autre maladie sont peut-être enfouis dans ce récit. L'on rapporte que les enfants s'en allaient vers la mort en dansant. Il s'agit là, peut-être d'une description symbolique des pitoyables bandes de victimes de la danse de saint Guy, qui parcouraient les campagnes au Moyen Âge. La musique des flûtes devait, croyait-on, calmer les spasmes musculaires incontrôlables donc les victimes étaient affligées.
Vérité et folklore
En fait, la légende du joueur de flûte est probablement un amalgame étrange de réalité et de mythe. Le récit original dut prendre de l'importance pour les gens de la ville à mesure que leurs enfants disparaissaient pour une raison où pour une autre.
Au XIVe siècle, la peste était souvent considérée comme une punition divine infligée à une humanité pécheresse, ainsi qu'en témoigne la dure justice poétique de la légende. Cette croyance, ainsi que le schéma des symptômes de la Mort Noire, l'histoire locale du siècle précédant et d'autres contes étranges à propos de mystérieux enchanteurs d'animaux, se sont peut-être mêlés dans l'imagination des générations successives pour créer le conte actuel.